13 mars 2020
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La production de tomate, mise en danger par le ToBRFV : une campagne 2020, sous haute vigilance

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Détectée d’abord en Israël en 2014, puis dans plusieurs régions du monde, dont l’Europe en 2018 et la France en février 2020, le Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) est, en ce début de campagne, au cœur des préoccupations des producteurs de tomates (figure 1). En effet, bien qu’il soit sans danger pour l’homme et les animaux, il peut causer de graves dommages sur les cultures et rendre les fruits impropres à la commercialisation.
Par Paoula Déchelotte, Publié il y a 2 ans à 10h03
Répartition mondiale du ToBRFV en mars 2020
(Source: https://gd.eppo.int/taxon/TOBRFV/distribution)

Un virus qui se transmet mécaniquement et par les semences

Appartenant au genre Tobamovirus, le ToBRFV se transmet extrêmement facilement par simple contact. De fait, les mains, les vêtements, les outils de travail, les insectes pollinisateurs et l’eau d’irrigation peuvent permettre la transmission du virus d’une plante à l’autre. Sa grande stabilité, lui permet également de se conserver pendant plusieurs mois à plusieurs années, sur les surfaces et les téguments des semences.

Les plantes hôtes naturelles connues à ce jour, sont la tomate (Solanum lycopersicum) et le piment (Capsicum annuum). De fait, tous les modes de production sont concernés : cultures sous abris ou de plein champ, culture hors-sol ou de pleine terre, jardiniers amateurs ou professionnels.

Les dégâts observés sur les cultures incluent des marbrures et des chloroses sur les feuilles, ainsi que des symptômes caractéristiques sur fruits avec des taches jaunes, une maturation irrégulière, des déformations et plus rarement la rugosité (Figure 2). Les symptômes se développent 2 à 4 semaines après l’infection(1).

Figure 2: Symptômes du ToBRFV sur tomates
(Source: Luria et al., 2017)

Comment identifier le virus ?

En cas de suspicion, il est d’abord recommandé d’en informer son réseau professionnel, d’arracher les plants suspects avec précaution afin de les placer dans un sac hermétique, et enfin de confiner la parcelle, dans l’attente de l’identification.

Eric Verdin, ingénieur de recherche dans l’unité de pathologie végétale de l’INRAE et spécialiste des maladies virales émergentes, revient sur les moyens d’identification du virus : « L’identification à l’aide de flash kit (bandelette à lecture rapide) ciblant d’autres tobamovirus (comme le TMV et le ToMV) n’est pas recommandée car, dans ce cas, la technique est peu fiable et nous pouvons avoir des faux négatifs. En cas de doute sur une exploitation, il est préférable d’en informer tout d’abord la DRAAF-SRAL et son technicien, puis d’envoyer un échantillon au laboratoire LSV de l’ANSES (Angers) pour analyse. Le virus pouvant se trouver dans toutes les parties de la plante, nous recommandons d’envoyer un rameau avec quelques feuilles prélevées sur des plantes symptomatiques. »

Une analyse positive pourra entrainer la destruction de la culture afin de limiter autant que possible la propagation du virus sur d’autres sites.

Une filière entière qui se mobilise pour prévenir l’introduction du virus 

Afin de limiter sa propagation, une décision réglementaire des Etats membres de l’Union Européenne datée de novembre 2019 vise à limiter l’introduction et la propagation du ToBRFV pour les semences et les plants et implique notamment une obligation de signalement pour les producteurs infectés par le virus.

Au niveau français, la publication du rapport de l’ANSES sur les risques, parue en janvier 2020(2), a conduit à mettre en place un plan de surveillance à partir de cette année au niveau national. L’AOPn(3) Tomates et Concombres de France a mis en place des cellules de veille régionales, réels lieux d’échange entre les instituts techniques, les organismes producteurs et les instances réglementaires.

Des mesures de prophylaxie qui permettent de réduire les risques de transmissions

Le ToBRFV pouvant se transmettre par les semences, il apparaît comme fondamental d’avoir une grande vigilance quant à l’origine de ses lots de semences. Son statut réglementaire implique, de fait, que les semences soient exemptes de ToBRFV ou qu’elles proviennent de zones exemptes de ToBRFV avant leur entrée dans l’UE et avant leur mise sur le marché. Il est également recommandé aux professionnels des semences de respecter les spécifications GSPP (Good Seed and Plant Practices).

Aucune lutte chimique, ni génétique, n’est à ce jour disponible, cependant les équipes de sélection sont mobilisées depuis maintenant plusieurs années afin d’identifier des résistances. Eric Verdin témoigne : « Les semenciers, et en particulier ceux qui ont des filiales en Israël ou au Mexique (la présence du virus y est endémique), développent des programmes de recherche afin de trouver des sources de résistances. C’est un processus extrêmement long car il faut dans un premier temps trouver la source de la résistance naturelle puis introduire ce gène dans des variétés commerciales. »

Aujourd’hui, seule la prophylaxie permettra de limiter la propagation du virus, c’est pourquoi il est recommandé de contrôler la circulation de personnes extérieures sur les exploitations, de leur fournir des équipements à usage unique et de limiter autant que possible leur contact avec la culture. « Si l’année dernière c’était sous-jacent, le risque virus est maintenant dans l’esprit de tous les producteurs qui ont pris des mesures de restriction pour l’accès à leurs serres. Les visites sont limitées au strict nécessaire et des mesures d’hygiène et de désinfection sont mises en place pour les salariés » explique Claire Goillon de l’APREL(4).

Des procédures de nettoyage et désinfection adaptées aux outils, aux surfaces mais aussi pour les employés (mains en particulier) doivent être instaurées. Le sujet de l’évaluation de produits désinfectants les plus efficaces est une préoccupation i) des pouvoirs publics qui ont chargé l’ANSES d’une étude sur ce sujet et ii) au sein des cellules de veille régionale. Claire Goillon précise : « A ce jour, ce qu’il manque le plus ce sont des réponses quant aux produits qui sont réellement efficaces, adaptés pour les mains, pour les outils, pour les structures. Nous avons très peu de références. »

Afin de prévenir sa propagation sur notre territoire, il est nécessaire de mobiliser l’ensemble des acteurs de la filière, du jardinier amateur, au semencier, en passant par les fournisseurs et les salariés agricoles, afin que les mesures de précautions soient plus largement mises en place.

Des mesures de prophylaxie à appliquer aux cultures hors sol mais également de pleine terre
« Les producteurs de pleine terre ont plus pris conscience du risque que l’année dernière, notamment à la suite du cas en Bretagne, qui le rend plus concret. Cependant, on est face à une difficulté car l’ensemble des protocoles proposés est adapté à la culture hors-sol, mais très peu à la pleine terre. La problématique de la conservation du virus dans le sol est réelle et relativement difficile à gérer car il n’est pas envisageable de revenir à des désinfections chimiques des sols.
Je m’inquiète sur la partie pleine terre de la production. Si on a des cas, on va devoir vivre avec le virus dans le sol, qui va s’exprimer plus ou moins en fonction des années. Dans les pays qui sont touchés depuis plus longtemps, comme l’Israël ou la Jordanie, ils sont passés à des cycles courts de production. Ils ont des sols contaminés, donc ils plantent, le virus s’exprime sur la plante et lorsque les fruits expriment trop de symptômes pour être vendus, ils arrachent et replantent. Ils continuent donc à produire et à potentiellement disséminer le virus. ». Claire Goillon

(1)APREL/ Chambre d’agriculture 13/ DRAAF-SRAL PACA. Protocole sanitaire à appliquer dans le cadre de la prévention et de la lutte contre les maladies de la tomate transmises par contact, Aout 2019.
(2)ANSES. Evaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine, janvier 2020.
(3)Association des Producteurs de Tomates et Concombres de France
(4)Association Provençale de Recherche et d’Expérimentation Légumière